在这里，顾颉刚所说的“科学的方法”，主要是指近代考古学的方法和历史考证方法。其影响所及，有对甲骨文、金文的新认识，有新的考据论文，有一系列考古新发现，有新的史料整理，从而有了对古史的新认识。这个“科学的方法”的提倡，以胡适为最早，而王国维、顾颉刚、陈寅恪、陈垣是取得成就最突出的史家，被称为近代史学上的考据学派[61]。这个时期，梁启超在史学上有广泛的论述，他关于治史方法的倡导，产生了一定影响。
在二十世纪初的中国史学上，胡适被称作是一个“最先有方法自觉”的人。而胡适自己也认为“‘方法’实在主宰了我四十多年所有的著述”[62]。胡适以其在新文化运动中的影响，又打着“科学”的旗号，故其倡言“方法”的言论，曾一度为不少人所接受。胡适所倡言的“科学的方法”，用他自己的话来概括，叫作“大胆的假设，小心的求证”，这10个字，是“胡适科学方法的商标”[63]。胡适的方法论，另一方面标榜“尊重事实，尊重证据”，另一方面又否认真理的客观性，从而否认人们认识真理的可能性。他认为“一切‘真理’都是应用的假设”，“所有的科学律例不过是一些最适用的假设，不过是现在公认为解释自然现象最方便的假设”[64]。可见，胡适的“科学的方法”实质上是实用主义方法。这种“方法”既不承认真理的客观存在，“事实”和“证据”也就从根本上失去了它的价值。而其在对待具体史事上，“宁可疑而错，不可信而错”，实则是一种历史虚无主义的方法论。