哈佛大学很快就知道了比尔·盖茨和保罗·艾伦成功开发出个人计算机软件，这让学校大为恼火。一方面是因为盖茨竟然和校外人员艾伦私自利用哈佛大学的计算机开发商业产品而学校直到产品出来后才得知。学校认为比尔·盖茨是利用学校的设备开发出商业产品，理应向学校缴纳一定的使用费用。另一方面是因为学校这台计算机来历有些不一般。
美国的计算机在20世纪六七十年代，只有政府和军方，还有少数的大公司才能拥有，普通人是难以奢望的。哈佛大学的这台计算机本来是美国国防部为了军事用途而监制的，本来是要用于越南战争的，可是由于某种原因，军方临时改变主意，把它捐赠给了哈佛大学。本来对于哈佛大学来说这是件好事，可是由于当时正是美国国内民众反战情绪十分高涨的时候，尤其是这次反战运动是从大学校园开始的，大学生的反战示威活动更加厉害，哈佛大学害怕反战学生们反对，半夜偷偷把计算机运进校园。这台计算机安装好后和军方的线路还是有所连接的。由于当时精通计算机的人还很少，所以学校对它的管理并没有十分重视，使得盖茨和艾伦钻了学校这个空子。对此事情，学校竟然一无所知，直到盖茨和艾伦的产品暴露了以后才知道。学校害怕军方怪罪下来，他们承担不起，所以对比尔·盖茨进行了严厉训斥。至于这个事件如何处理，学校还有待研究，但是要求比尔·盖茨对此作出自己的解释。