其次，明代白莲教支派迭出，名目繁多，影响扩大。这是当时分散的小农经济的反映，也与明中叶以后王阳明学说的发展及其所引发的思想活跃有着密切的关系。明代白莲教教派多达百余种，其中影响较大的有罗教、黄天教、弘阳教、闻香教、龙天教、大乘教、长生教、龙华会、棒槌会等。其教义、信仰、组织、仪规及活动方式大体雷同，特别是经过几番融合之后，教派之间的差异愈益缩小。
最后，明代白莲教掌握并完善了在封建专制统治下、在禁断与镇压的环境中生存与斗争的艺术，生命力更加顽强。
白莲教是属于民众的，它的基本信徒仍然是处于社会最底层的贫苦劳动人民，包括农民、手工业者、矿工、漕运水手以及为数众多的丧失土地和家园的流民，也有个别胥吏、差役、书办等参加或成为秘密教派的首领。明末，更有一些教派打入上层社会，深入内廷，在宦官和其他权贵中吸收信徒，甚至获得资助刊印经卷，建立庙宇，以期得到保护。
明代白莲教在传教方式上已不仅仅是扮成医卜或冒充商人，深入民间进行口头宣传，而是通过文字即宝卷来传播教义。在明代出现了大量的印本或抄本的白莲教经卷，这些经卷虽屡被朝廷禁毁，但仍有相当一部分保存并流传下来，成为白莲教生存与延续的手段之一。