所以，在中国传统哲学本体论中，“本体”实际有三层含义：一是指“根本”、“根源”；二是指“整体”、“统一”；三是指“应该”、“应然”。三层含义有不同的指向：一是揭示事物的根本性、根源性；二是揭示事物的整体性、统一性；三是揭示事物的应然性、应当性、目标性、价值性。值得强调的是，在中国传统哲学本体论中，以上三个方面的内涵是不可分割的，或者说是不可偏颇的，仅仅一个方面的内容（无论是“根本”义、“整体”义，还是“应然”义），严格意义上说都不是中国传统哲学的“本体”概念[7]。
正因为“本体”具有三层含义，所以，在中国传统哲学本体论中，实际上存在三种基本思路：其一是对世界、万物或人的根本性、根源性、本源性的研究，以此发现和确立世界最根本、最根源的存在；其二是在对根源性问题的研究中揭示出世界的本来、本然的存在，从而使世界诸现象和存在具有整体性和统一性，这是中国传统哲学本体论研究中的另外一个基本内容；其三是对本来、本然存在的研究中，发现和确定包含的“应该”、“应然”意义，以指向一种圆满、完成、完善的发展性、目标性、价值性，从而达到研究世界、万物或人的最终目的。
所以说，中国传统哲学本体论是一种不仅研究事物的根源性、本源性，研究整体性、统一性，而且还研究事物的应然性、应当性、目标性、价值性的理论形态。不过，以上三种思路在具体的研究中往往并不截然分离，而是构成一个相关的、一致的问题、内容或视域，这是中国传统哲学本体论的一个重要特征。如，有子指出：“君子务本，本立而道生。”有子所言的“本”无疑可以在哲学意义上理解为“本体”，即君子如果致力于本体，就可以树立起人生的基础，从而产生出“道”。这里明显有三重含义：其一是“君子务本”，即树立起人生的根本或基础，这是指本体的根源性、根本性；“本立而道生”，是在“本立”的基础上产生出统一性、整体性的“道”；当然，这个“道”也最终具有应然性、应当性、目标性、价值性。其中有根本性研究，有统一性研究，也有一种应然性研究在内。