婚后，喜塔喇氏生了三个儿子，努尔哈赤、舒尔哈齐和雅尔哈齐。作为长子，努尔哈赤备受父母宠爱，从小过着幸福的生活。但是，这种幸福在他10岁那年，随着母亲喜塔喇氏的去世便结束了。这一年，从根本上改变了努尔哈赤的命运。他的继母纳喇氏为人非常刻薄狠毒，不断挑唆和破坏努尔哈赤的父子关系，使得努尔哈赤的日子过得异常艰难。15岁那年，努尔哈赤毅然带着10岁的弟弟舒尔哈齐离家出走，投奔到外祖父王杲门下。
几年后，明朝辽东总兵李成梁率军攻破了王杲的驻地，王杲被杀，努尔哈赤兄弟被俘虏。但是，李成梁并没有杀努尔哈赤。因为外祖父王杲是一个受汉文化影响较深的女真人，努尔哈赤在这生活期间耳濡目染，学会了一些简单的汉语。李成梁见努尔哈赤聪明伶俐，不但赦免了他，而且还让他做自己的书童。在李成梁的麾下，努尔哈赤广泛接触到新鲜的事物，增长了见识。这段时期内，努尔哈赤对汉文化与汉人有了深入的了解。由于努尔哈赤从七八岁开始就练习骑射，技艺已经非常娴熟了。每逢征战，他总是勇猛杀敌，逐渐受到李成梁的赏识，并跟随他四处征战。随着实战经验的增加，努尔哈赤的谋略意识不断增强，军事才能也得到锻炼与提高。三年多后，努尔哈赤回到家里，遵照父命与佟佳氏结婚，开始自立门户。由于继母的长期挑拨，父亲塔克世对努尔哈赤依然冷若冰霜，努尔哈赤婚后也没有分到多少家产。