在金融工作中，一个非常困难的问题是货币发行问题。陈云对边区货币发行的经验教训做了深入的分析和总结，提出货币发行“不要冲破饱和点”的原则，即货币发行要与流通的实物相平衡。这不仅在理论上，而且在实际工作中，为边币发行量找到了具体的限度。
金融的另一个重要问题是边币与法币的关系问题。边币是皖南事变后陕甘宁边区发行的独立货币，但有人以为只要靠政治手段就可以使边币彻底脱离法币，从而保持边币的“独立性”。
陈云认为这种愿望很好，但并不可行。他认为，既然边区经济离不开进出口，也就离不开法币；既然边区经济落后，存在一个很大的进口需求，边币也就只能跟着法币走。他对两种货币比价与进出口商品物价之间的变动关系做了细致分析，提出边币币值不能稳定在物价上，而只能稳定在与法币比价上。
陈云还提出要利用法币贬值的时机，提高出口货物价格，出口黄金，买进法币，少进货物；利用法币升值的时机，抛出法币，买进物资和黄金，使边区政府从中赚取了大量差价，以充实银行的准备金，创造了中国共产党领导金融工作的奇迹。
在主持边区财经工作期间，陈云领导财经办事处制定了一系列促进生产发展的政策，又提出了留有后备的财政方针。他在1945年2月召开的边区财政厅工作检讨会上，提出财政工作的方针是：生产第一，分配第二；收入第一，支出第二。在保证需要方面，他提出的方针是：军队第一，学校第二，机关第三。