三国时期，公元229年，孙权正式称帝，并于当年迁都建业（今南京）。此后，建都洛阳的西晋于公元280年攻灭孙吴，建都51年的建业一度衰落。但随着西晋的迅速灭亡，公元317年，司马睿在建康（今南京）称帝，建立东晋。此后，南京又先后作为刘宋、萧齐、萧梁和陈朝的国都，一直到公元589年陈国被隋攻灭。
至此，算上三国孙吴时期，加上东晋、南朝，南京在这一分裂时期，一度有300多年作为都城。
但这仅仅是在南京立都的开始。
从经济角度看，南京作为都城的兴起，也代表着长江流域经济的崛起。
在汉末以前，中国的经济重心在黄河流域，这也是为什么南京在汉末以前一直默默无闻。
三国以后政治动荡，北方人口一波又一波南迁。从西晋永嘉之乱到唐朝安史之乱，再到北宋靖康之变，这三次重大历史事件，导致了中国人口的三次大规模南迁。而西晋永嘉之乱以后的第一次大规模人口南迁，其结果就是加速了淮河和长江流域的经济开发，使南京作为南朝的国都得以坚持了近300年。
不得不说，南京的崛起与建都，是以江淮流域的人口迁入和经济发展为基础的。
唐朝安史之乱以后，随着江淮流域的加速开发，中国的经济重心不断南移。当时，黄河中游地区的长安之所以能在安史之乱以后仍然维持唐朝的国都地位，其根本原因在于利用了隋炀帝打通的大运河，抽调江淮流域的粮食和税赋，这才得以又延续了100多年。