突尼斯的穆斯林占全国人口的95％以上，伊斯兰教的影响很大。布尔吉巴是一位受西方文化影响很深的世俗主义者，他坚决实施严格的政教分离的政治制度，不允许宗教人士干预政治，禁止电视屏幕上出现宣传宗教活动的画面。
20世纪80年代以后，在伊朗宗教领袖霍梅尼的伊斯兰革命的鼓动下，突尼斯的伊斯兰复兴运动急剧发展，他们要求社会伊斯兰化或建立神权政体，多次发动反对政府的暴动。1987年2—3月，伊斯兰原教旨主义者在大学校园内煽起暴力行动。政府采取镇压措施，并以伊朗支持突尼斯暴力集团为由断绝两国外交关系。布尔吉巴还命令在全国范围内逮捕伊斯兰极端分子和他们的领袖。
对一个伊斯兰国家来说，对宗教骚动事件应采取慎重的行动，但布尔吉巴却坚持杀不饶赦的主张，命令法庭判处30名伊斯兰极端分子死刑。布尔吉巴拒不听取本·阿里总理和党政要员们要求以政治方式缓解宗教问题的建议，引起许多穆斯林的不满。不少突尼斯人支持伊斯兰原教旨主义者的主张，进一步促进了伊斯兰极端组织的暴力行动，突尼斯陷入了一场政治危机。