陈仪是个大幕僚，可是幕僚背后还有幕僚，这就是沈仲九先生。他帮助陈仪建立政治理论计划以及实践的方案，曹聚仁称赞他运筹帷幄，是真正的现代卧龙。他和陈仪关系很深，而陈仪又是蒋介石早期最信任的人。但沈仲九很怪，他只在幕后策划，从不愿意站到前台，甚至不愿意和蒋介石见面，他也不愿意让福建的老百姓知道，陈仪的背后还有他沈仲九这个人。他躲避公共集会和官场上一切应酬，生活简单朴素，甚至有一次绑架他的土匪也相信他是一个可怜的小学教员，看不出他是大权在握的高级幕僚。
当然，他的资格也老，是留学日本的光复会会员。他和浙籍的陈望道、施存统、俞秀松、刘大白、沈雁冰、沈泽民、戴季陶等参加了《新青年》杂志社召开的社会主义和中国改造问题座谈会。1946年年初，他主持为陈仪制定了建设台湾为“模范省”的大政方针。沈仲九的幕僚作业大概而言是建立了一套较完备的人事制度，开办了省政讲习所，培养了一批行政干部，省以下的一切事务官都由省当局直接指挥。曹聚仁认为这和法国的文官制度很相似，这一制度的建立使福建省政逐渐上了轨道。当时日本攻占福州以后，国民政府还有4/5的地盘，算是一个较完备的省。本来曹聚仁准备写关于他的报道，黎列文先生受了沈仲九的暗示叫他不要写。