恒瑞公司为杨爱斌缴纳社会保险费至2008年4月，但自杨爱斌未到公司内勤上班起恒瑞公司停止支付其工资。2008年3月10日，恒瑞公司付杨爱斌40526元；同年8月8日付44628元；同年8月11日付10200元。对上述付款，杨爱斌认可恒瑞公司是支付业务提成款40526元，拖欠业务费44628元和拖欠工资10200元。诉讼中，双方还确认风险抵押金为14827.10元和住房公积金尚在恒瑞公司处。杨爱斌住房公积金个人明细账余额为3076.68元，利息为23.69元，合计为3100.37元。
二审另查明，杨爱斌在一审中向法院提交了2008年1月21日《费用交接表》一份，该表中内容包括业务提成款40526元、工资等10200元及临床费38000元、房租费6500元。该费用名称内容为杨爱斌本人书写，表下方交方、接方、会计和主任签名的签字均为复印。对该费用交接表，恒瑞公司认为是复印件，不予承认。杨爱斌所提供的证人薛某、武某，二人在本案仲裁及一审诉讼过程中，同时与恒瑞公司发生劳动争议。
一审法院于2009年6月24日送达民事判决后，于同年7月13日又向杨爱斌下达补正裁定，裁定内容为：判决书第4页第15行“关于杨爱斌主张的给付代垫临床费38000元、工作期间的房租费6500元，该二笔费用，系双方于2008年1月21日对账后所形成的四笔尚欠费用，另外二笔费用，恒瑞公司已支付，因此，该二笔费用，恒瑞公司也应当支付给杨爱斌”补正为“关于杨爱斌主张的给付代垫临床费38000元、工作期间的房租费6500元，该二笔费用，系杨爱斌举证的复印件，双方于2008年1月21日对账后所形成的四笔尚欠费用，另外二笔费用，恒瑞公司已支付，因此，该二笔费用无事实依据，法院不予支持”；判决主文第一项“江苏恒瑞医药股份有限公司于判决生效后十日内一次性支付杨爱斌风险抵押金及奖金14827.10元、住房公积金为3000.37元、代垫临床费38000元、工作期间的房租费6500元，共计62327.47元”补正为“江苏恒瑞医药股份有限公司于判决生效后十日内一次性支付杨爱斌风险抵押金及奖金14827.10元、住房公积金为3000.37元，共计17827.47元”。