桓温也看出了慕容垂的险恶居心，而且用不着等到冬天，随着初秋来临，黄河水位下降，原本依靠水运的后勤补给也出现了问题。此时桓温也立刻采取了他的预警机制，命令豫州刺史袁真，进攻谯郡（今安徽亳州）、梁国（今河南商丘），凿通石门（今河南荥阳市前），连接睢水与黄河，用以运粮。袁真成功地攻克了谯郡、梁国，但石门一时还未能凿开。
所谓“道高一尺，魔高一丈”，桓温能想到的，慕容垂也恰恰想到了。他先密派慕容德与兰台治书侍御史刘当以一万五千重兵紧守石门，断去晋军赖以漕运的水源，又派豫州刺史李邽守皋陵陆道，断去晋军从陆路运粮的通道；再派尚书郎悉罗腾与虎贲中郎将染干津率五千精骑兵，去组织各郡县抢收附近粮食，并阻止晋军就地收粮。
做完了这些，慕容垂又恢复了他以往的龟缩政策，紧闭营垒，只守不攻。面对慕容垂的无赖性防御措施，桓温一时间还确实没有很好的克服方法，双方在枋头形成的胶着状态只能继续下去。
就这样，双方对峙一直拖延到九月，由于石门断水，清河的水位不断降低，粮食补给越来越困难。无奈之下，桓温只得派袁真再率一万兵进攻石门，以打开水道。此时，正是慕容德把守在石门，他见晋军来攻，便派慕容宙和慕容宇设下一支伏兵，袭击了袁真的前锋袁瑾。袁真带兵去救袁瑾，击败慕容宙和慕容宇，但慕容德与刘当又抄了袁真后路。双方经过一番激烈争夺，袁真突破石门的计划终于宣告失败。