天启三年（1623年）九月，袁崇焕到任后，对事事都十分负责。当他发现祖大寿奉孙承宗之命，修筑的城墙不合规格时，他立即制定规格，命令重新修筑。同时，他还命祖大寿与参将高见、贺谦等人一起督工。到了第二年，宁远城的修筑终于再次竣工。在满桂与袁崇焕二人的共同努力下，宁远被倚为关外重镇，将士们都乐于为其效命。同年九月，袁崇焕又协同大将马世龙、王世钦率领12000水陆马步军巡视广宁，拜谒北镇祠，经过十三山，抵达右屯。之后，明廷又以袁崇焕防守的功劳，先后晋升他为兵备副使、右参政。
天启五年（1625年），孙承宗与袁崇焕共同商量了对策，立即派遣将领占据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河等地，并修缮城防长期驻守。同年十月，孙承宗不幸遭到罢免，由高第接替了他的职位。这个高第向来没有斗志，他认为关外一定会守不住，他接任没多久，就命令自己的军队全部撤出锦州及右屯等地。当时，督屯通判金启倧看到这一切，立即上书袁崇焕：“锦州、右屯、大凌三城都是前锋要地，如果撤兵，已经安居的百姓将再次被迁徙，收回的疆土再次沦陷，关内外经得住几次退守？”袁崇焕听闻后，也立即向高第争辩：“兵法上说，有进无退，收回的疆土怎么能轻易放弃？锦州、右屯动摇，宁远便会难保，进而使关门失去了保障。这些地方只需要派遣良将守卫，就不需要太多的顾虑。”但高第油盐不进，执意要撤掉宁远的军队。袁崇焕见劝说无效，表示宁愿死在宁远，也不愿撤离。同年十二月，袁崇焕又被擢升为按察使。