第二，优化结构，突出办学特色。在过去，我国高等教育的发展在结构上严重失调，各类高校不管性质如何，也不管条件如何，盲目升格，出现“东施效颦”的现象，致使高校之间同质化倾向特别严重。为此，《教育规划纲要》提出了“优化结构办出特色”的发展思路。在区域结构优化方面，《教育规划纲要》要求：“设立支持地方高等教育专项资金，实施中西部高等教育振兴计划。新增招生计划向中西部高等教育资源短缺地区倾斜，扩大东部高校在中西部地区招生规模，加大东部高校对西部高校对口支援力度。鼓励东部地区高等教育率先发展”在类型结构与专业结构方面，《教育规划纲要》要求优化学科专业和层次、类型结构，重点扩大应用型、复合型、技能型人才培养规模，加快发展专业学位研究生教育。此外，《教育规划纲要》还要求建立高校分类体系，实行分类管理。发挥政策指导和资源配置的作用，引导高校合理定位，克服同质化倾向，形成各自的办学理念和风格，在不同层次、不同领域办出特色，争创一流。
第三，提升科学研究水平。科研是高等教育的重要职能，科研质量的高低对于高等教育的发展乃至高等教育在经济社会发展中的作用的发挥至关重要。因此，《教育规划纲要》明确提出了提升科研水平的要求。《教育规划纲要》指出：“充分发挥高校在国家创新体系中的重要作用，鼓励高校在知识创新、技术创新、国防科技创新和区域创新中作出贡献。”《教育规划纲要》要求高等学校坚持服务国家的目标与鼓励自由探索相结合，加强基础研究；围绕经济社会发展中的重大实际问题为主攻方向，加强应用研究。为了提高科研水平，《教育规划纲要》要求加强高校重点科研创新基地与科技创新平台建设，完善以创新和质量为导向的科研评价机制，促进高校、科研院所、企业科技教育资源共享，推动高校创新组织模式，培育跨学科、跨领域的科研与教学相结合的团队，促进科研与教学互动。提升高等学校科研水平，不仅要大力开展自然科学、技术科学研究，而且要加强哲学社会科学研究。《教育规划纲要》要求高等学校积极参与马克思主义理论研究和建设工程，深入实施高校哲学社会科学繁荣计划。