除用义子监军以外，另一办法是规定将士家眷必须留在后方居住。这法子在刚渡江时便实行了。朱元璋统兵取集庆，马夫人和诸将家属留在和州(今安徽和县)。取集庆后，定下制度： “与我取城子的总兵官，妻子俱要在京住坐，不许搬取出外。”“将官正妻留于京城居住，听于外处娶妾。”这样，将官顾虑妻子安全，自然不敢投敌以致反叛，平时征调差遣，也方便得多了。可是，也有相反的情况，后来骁将邵荣的怨望以致图谋暗杀朱元璋，正是因为常年征战，不能和家人团聚的缘故。
此外，朱元璋还提防将官和读书人勾结，规定： “所克城池，令将官守之，勿令儒者在左右议论古今，只设一吏，管办文书，有差失，罪独坐吏。”凡是元朝的官吏和儒士，都要由他自己选用，逃者处死，不许将官擅用。
朱元璋进攻滁州时，彭大、赵均用率领濠州红军主力，攻下了盱眙泗州。两人为郭子兴的事结下怨恨，竟闹决裂了。赵均用和孙德崖四帅合成一伙，彭大孤立，手下得力的人也逐渐被赵均用收买过去，气闷不过，发病死了。他儿子早住接着也称鲁淮主，赵均用没把他看在眼里，倒也相安无事。郭子兴原来倚仗彭大做靠山，彭大一死，孙德崖几次找借口要害子兴，碍着朱元璋在滁州有几万部队，投鼠忌器，不好下手，便撺掇赵均用下令牌调朱元璋来守盱眙，一箭双雕，一窝子收拾掉。朱元璋知道这是陷阱，委婉推辞，说是元军要来进攻，部队移动不得。又使钱买通赵均用左右得力人员，劝赵均用不要听小人挑拨是非，自剪羽翼，万一火并了，他部下不服，也不得安稳。说话的人又劝他好好地对待子兴，让他出气力，占地方，保疆土。成天有人在旁说好话，均用不由得不信，竟放子兴带本部人马到滁州。子兴一到，朱元璋交出兵权，三万多兵强马壮的队伍，旗帜鲜明，军容整肃，子兴大喜。